主条目：新疆歷史

前1世纪—3世紀

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中国古史中对于西域地理历史的真实具体记载始自汉朝。同样在在汉代，中原政权在西域设立了首个军事行政机构西域都护府以控制当地的附庸国。

汉王朝的西域扩张大业是从攻打匈奴开始的。匈奴是秦汉之际在亚洲内陆草原地区活动的一个实力强盛的游牧民族政权。在西域都护府建立前，西域诸国臣属于匈奴；匈奴于公元前209年－前161年间征服了西域，并设置有僮仆都尉一职，负责在西域征收赋税。

汉武帝刘彻为攻打匈奴，决定“通西域以断匈奴右臂 隔绝南羌 月氏”。为此他先派张骞两度出使西域，途中两次被匈奴俘获。张骞远之大宛，试图说服月氏乌孙等国共同对付匈奴但未得到支持，然而张骞在途中搜集了大量沿途的资料和情报。公元前104年，汉武帝又命李广利三年两次发兵入侵大宛（在今中亚费尔干纳盆地），使西域许多城国臣服于汉。前102年，汉军攻占大宛城（今费尔干纳）。翌年，汉朝在西域的轮台、渠犁等地驻兵屯田。

因匈奴内争，其主管西域的日逐王先贤掸率万余众降汉，汉使护鄯善以西使者郑吉迎之，匈奴在西域的统治力量随之瓦解。于是汉廷使护鄯善以西南道诸地的郑吉“并护（车师以西）北道，故号曰都护”。公元前60年，西汉中央政权首次设立西域都护府[15]，将天山南部第一次置于汉廷的势力范围之下。但西域不属汉朝郡县范围，与僮仆都尉不同的是，西域都护的职责主要以保护当地城邦国为主，因此西域都护并不像匈奴的僮仆都尉一样在西域有征收赋税的职责[16]。

公元10年，新朝王莽与匈奴断绝关系后，匈奴重新夺回西域；公元13年焉耆国王起兵斩杀由西汉任命的西域都护但钦，于是“西域亦瓦解”，新朝势力退出西域；公元16年，王莽以李崇为西域都护却入侵焉耆国失败，李崇只能还保龟兹国；公元23年王莽死后，“（李）崇遂没，西域因绝”。[17]

公元74年。东汉重设西域都护，但次年遭到焉耆和龟兹起兵反抗。两国投靠北匈奴，进攻西域都护陈睦。陈睦全军覆没，遂罢西域都护。

公元91年，汉军“平”西域。十二月，汉朝重新设置西域都护，驻龟兹国境内的它乾城（今新疆库车附近，其址未详）。公元94年，班超处决焉耆国王广和尉犁国王汎于前西域都护驻扎过的乌垒城。又废除龟兹原国王尤利多，另扶植白霸为龟兹王，尤利多则被带回洛阳。

公元107年7月，西域各国再次反汉，龟兹国人叛白霸，与温宿、姑墨两国联合反抗汉朝。东汉虽成功镇压，但因西域政治不稳定而最终废置西域都护，北匈奴收复西域。

4世纪—6世紀

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4世纪初，西晋因居於北方的各個胡族起兵而覆灭，西域长史府名存实亡。中原王朝对西域失去了控制，进入到了五胡十六国时期。今中国的西北地区建立了一个又一个的不同民族政權，包括前凉、前秦、北凉、后凉和西凉，这些政权都试图保持对西域诸邦国的控制。最终鲜卑族的北魏重新统一中国北方，控制了今天新疆东南角的一部分。疏勒、于阗、龟兹和且末等政权控制了西部，而中央吐鲁番附近则被北凉的延续者高昌所统治。

5世纪末，吐谷浑和柔然开始分别扩张至今新疆的南部和北部。从6世纪中叶开始，突厥人在阿尔泰山地区崛起，數年间击败柔然，建立了西至里海、东抵大兴安岭、橫亙中亚的突厥汗国。583年突厥分裂为东突厥西突厥二国，新疆属于西突厥。

7世纪—13世纪

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隋炀帝大业五年（609年），隋军入侵吐谷浑，控制了今日的新疆东南部。六年後的615年吐谷渾在青海復國，隋朝建制的鄯善、且末、西海、河源四郡全沒。

及至唐太宗贞观十四年（640年），唐军吞并高昌，于该地置西州，又于可汗浮图城（今吉木萨尔）设立庭州；同年在高昌设安西都护府，后迁至库车，改置为安西大都护府。在之后的二十年间，唐朝发动了对西突厥的一系列战争，西突厥最终于657年遭到灭亡，670年安西四镇被吐蕃攻佔，而后十次易手；在693年最终被武周收复。702年在庭州设置北庭都护府，后又升为北庭大都护府，管理天山北麓及新疆东部地区的军政事务，而安西大都护府管理天山南部和葱岭以西的广大地区。唐玄宗开元年间，曾在两大都护府之上设碛西节度使，是当时全国八大节度使之一。非汉族聚居区，则设置羁縻府州。同时，还在龟兹、于阗、疏勒、焉耆（一度是碎叶）设军事建制，史称安西四镇。

初期吐蕃与唐朝关系密切，安史之乱之后，吐蕃勢力逐渐强大，在之后的三十二年内逐步占领了天山山脉南部的和河西走廊的广大地区，甚至在763年洗劫了唐朝京城长安。同时，回鹘人在之后的五十年时间内逐步控制了今新疆北部的广大地区。9世纪中叶后，这一地区进入混战时期。

回鹘国灭亡后，西遷入吐魯番盆地的高昌回鶻（或称西州回鶻）和迁居龟兹。

9世纪之后，西域出现了几个国家并列存在的局面。其中主要有高昌回鹘、喀喇汗国和于阗等政权。844年后西迁西域的回鹘人与其他操突厥语诸族建立高昌回鹘国与喀喇汗国。喀喇汗国在10世纪—11世纪时控制今日的新疆西部；同一时期回鹘的一支在今日新疆中部定居，是为高昌回鹘国。于阗是古老的塞人居住地，1006年被喀喇汗国灭亡。

1132年，遼朝皇族耶律大石躲避金朝人的追擊，从辽河上游地区轉入新疆，建立西辽政权，统治新疆地区八十多年。

13世纪初叶—14世纪时，新疆的天山以北地区大部分属于蒙古窝阔台汗国（原乃蛮故地）。今伊犁河流域曾设置阿里麻里（阿力麻里）等处行中书省，但不久就并入察合台汗国（原西辽故地）。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行中书省，后新疆的大部分地区长期被察合台汗国統治，仅东部为大元帝国辖地。

14世纪之后

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塔城的花园

1885年伊犁版畫

明朝初年，为防範漠北的鞑靼和瓦剌势力，於哈密等地區設置衛所；而以西则为东察合台汗国统治。16世紀中葉，由东察合台汗国分裂出来的吐鲁番汗国強大，1472年，哈密等衛所一度被吐魯番攻破，諸衛內遷，之後夺回；1514年再度被併。15世紀後半期後，西北諸衛全部喪失，明军退守嘉峪關。同时期，叶尔羌汗国在天山以南的东察合台汗国的故地上建立。明末清初，厄鲁特蒙古的一支准噶尔部以伊犁为中心建立准噶尔汗国，并向南扩张控制了叶尔羌汗国。经过激烈的战争，1697年，清军入侵准噶尔，控制了今新疆的东部地区。1755年，清军再次入侵准噶尔，最終攻占伊犁，准噶尔於是亡國，是為準噶爾之役。1757年又镇压了准噶尔的辉特部阿睦尔撒纳之乱。1759年，清军再次镇压回部宗教首领波罗尼都、霍集占发动的大小和卓之亂，最终控制新疆全境。周边的哈萨克、布鲁特、浩罕、巴达克山等国也附屬于清朝。1799年，清军按照乾隆帝的旨意屠杀了剩余的准噶尔人。[18]

19世纪中叶，沙俄割佔中國領土，1864年的塔城条约将新疆西北部巴尔喀什湖以南一带清朝自吞并准噶尔汗国之后得到的土地割让给俄国。1864年新疆维回起义，库车、和阗、喀什、吐鲁番等地纷纷宣布独立，与清兵互相攻伐，为清朝時期最大型的新疆民族衝突。1865年春，邻国浩罕汗国的阿古柏从喀什攻入新疆，试图统一南疆回部七大城，占领新疆大部分地区长达6年。1871年，俄国又占领了伊犁河谷，当时清廷在新疆只剩下塔城等少数据点。1877年左宗棠收复新疆。1881年，清政府收复被沙俄实际占有长达11年之久的伊犁地区。1884年（光绪十年）11月19日，清政府颁发上谕，设立甘肃新疆省，任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使。新疆建省后废除了伯克制，裁汰各地驻扎大臣，设置厅、府、州、县，实行与内地各省一样的行政制度。[19]

中華民國時期

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主条目：新疆省 (中華民國)

中華民國時期的新疆省 亞新地學社1936年《袖珍中華全圖》的新疆省地圖 民國32年新疆省行政區劃

1911年辛亥革命，革命党人在湖南人劉先俊等人的率領下在伊犁發動起義，殺死伊犁將軍志銳，成立伊犂臨時軍政府。新疆巡抚袁大化電奏清廷保阿克蘇道尹杨增新为新疆都督，自己逃离新疆。清朝被中华民国取代後，杨增新在1912年和軍政府议和，逐渐取得全疆控制，并拥护中华民国大总统袁世凯。革命党人或被杀死，或回到中國内地。同年底喀尔喀蒙古宣布獨立。1912年库伦的「大蒙古国」攻陷科布多後，又攻打蒙古与新疆之间的阿尔泰，被杨增新派军击败。1919年，中華民國北京政府下令将阿尔泰并入新疆省，设立阿山道，即今之阿勒泰地区。

1928年6月，黃埔陸軍軍官學校校長兼國民革命軍總司令蔣中正所領導的國民革命軍北伐勝利，國民政府沿襲北洋政府時期的「新疆省」建置，7月1日杨增新自行就任新疆省政府主席兼总司令，7月7日被刺身亡。11月17日省政务厅长金树仁成为新疆省主席。由于不滿金树仁的政策，各地民变迭起，和加尼牙孜等人首先在哈密起義，导致甘肃军阀马仲英入疆。1931年8月11日，富蕴县发生8级地震，造成10000人死亡。1933年马仲英攻打迪化，被新疆督办公署参谋长盛世才击败。同年4月12日在一些不满金树仁的军官利用流亡新疆的白俄归化军发动政变，推举盛世才为新疆督军。金树仁取道苏联逃往天津。

1933年11月，在外部支持下，和闐人穆罕默德·伊敏、沙比提大毛拉等人發生起义，在疏附宣佈成立“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，推舉和加尼牙孜為總統。1934年2月為马仲英部下馬福元所消灭。穆罕默德·伊敏逃回和闐，又擁立其兄滿素爾為帕夏，成立“和闐伊斯蘭王國”，隨即被馬虎山所部消滅。

1937年新疆戰爭期間，盛世才前期依靠苏联支持巩固新疆政权。为表示其亲共立场，盛世才曾前往苏联考察，还邀请中国共产党陈潭秋、毛泽民、林基路等人到新疆工作。後因蘇德戰爭初期蘇軍失利，盛世才與蘇聯和中共决裂，1943年國民革命軍進駐新疆。

1944年11月，蘇聯乘中國抗日戰爭期間策劃伊宁事变，维吾尔人和哈萨克人在苏联支持下建立了“東突厥斯坦共和國”，在其控制區内发生了对漢族平民的屠杀事件，是民國年代新疆最激烈的民族衝突。[20]1946年6月，在蘇聯的指示下，三区革命左派领导人阿合买提江、阿巴索夫等撤消主张独立的艾力汗·吐烈的政府主席职务，将“东突厥斯坦共和国”改组为“伊犁专区参议会”，投靠中國共產黨。中国共产党将“三区革命”视为其革命運動的一部分

1949年，经张治中斡旋，新疆军政长官陶峙岳、包尔汉·沙希迪等宣布脱离中華民國政府投靠中國共產黨。9月25日王震率军入乌鲁木齐，通称新疆和平解放[21]。

中华人民共和国時期

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1950年新疆和平解放后中央人民政府派出首个赴新疆慰问团

1955年10月1日，中华人民共和国改新疆省为新疆维吾尔自治区，成为五大民族自治区之一。在1955年的人口统计中，维吾尔族占到新疆的73%人口，也正因此，新成立的自治区整体被定义为维吾尔自治区。[22]

1953年前，新疆超过75%的人口居住在天山以南的塔里木盆地。中华人民共和国政府主导的西北大開發，主要被鼓励居住在当时人烟荒芜的新疆北部，即准噶尔盆地地区。从此一来，当代新疆的人口构成就得以定型：新疆北部城市以汉族、回族和哈薩克族为主；新疆南部城市则以维吾尔族为主。

1950年代开始新疆人口呈汉族净流入态势。当时，为解决解放新疆部队男女比例失衡、男性军人婚姻问题，中共中央军委、新疆军区吸纳大量单身女性进入新疆参军、工作、定居。1990年代时，每年农忙时期均需要大量人口，最多曾有120万，受雇涌入新疆采集棉花[23]。新疆各族人希望進入沿海地區做生意占少数。而同时期新疆有少量包括維吾爾族在內的各族人口外流进行贸易與求學，在北京等地形成有数千人的聚居區，新疆維吾爾餐館也林立起來[23]。

1964年新疆歌舞团劇目-葡萄架下，於人民畫報封面

自1962年中苏交恶后，苏联通过其中亚地区电台广泛鼓动新疆的维吾尔族及哈萨克族进行分离主义暴力事件，支持其独立。仅1966年一年，新疆民族分裂主义者受苏联煽动而发起的攻击就高达五千起[24]。1962年由于苏联驻伊犁领事馆非法发放证件并许诺协助新疆独立，使得六万余名中国籍公民外逃至哈萨克苏维埃社会主义共和国，甚至声称组织“维吾尔解放军”进攻新疆，史称伊塔事件[25]。中国成立半军事半生产性机构新疆生产建设兵团，将其派往边境驻防及屯垦来回应苏联的干涉和破壞。1964年在新疆羅布泊完成核試驗596工程。

1970年代末改革开放后，高速增长的经济在地区内部分配并不均衡。大部分维吾尔族人选择移居至城市，而众多外来人口也移居新疆以寻求经济发展机会。1980年，改革派领导人胡耀邦决定放宽自治区民族自治权，将自治区的汉族干部调离新疆[26]。但长期主政新疆的王震强烈反对這種放任政策，这一政策未能实行。1981年“两个离不开”成为中国民族工作的指导方针，即民族关系是“汉族离开少数民族不行，少数民族离开汉族也不行”作為主流。1975年被撤销的新疆生产建设兵团在1982年重新恢复。

1989年5月19日乌鲁木齐五·一九骚乱，导致150人受伤，2009年7月5日，烏魯木齊爆發七五事件，造成過百人死亡。2008-2014年新疆連年發生恐怖襲擊，是21世紀以來最嚴重新疆民族衝突。为打击極端伊斯蘭恐怖組織以及疆內分裂勢力，以习近平同志为核心的党中央不断加大维稳力度，不但多次進行反恐行動，更设立“教培中心”，教化受極端思想影響的人。對此，有歐美国家批評其為「新疆种族灭绝」。但是沙特阿拉伯、伊朗、阿拉伯联合酋长国、卡塔尔、巴基斯坦等多数穆斯林国家认为中方做法为“反恐”教育，并在联合国大会投票支持中方[27][28]。聯合國則批評中國當局嚴重侵犯人權的行為犯下「危害人類罪」[29][30]。

2023年11月1日，中华人民共和国国务院关于印发《中国（新疆）自由贸易试验区总体方案》的通知，宣布將在新疆建设自贸试验区，這將會是西北地區第一個自貿區。[31]